| شبیه سازی ساختار سوم آنزیم فسفولیپاز D متعلق به کورینه باکتریوم پسودوتوبرکلوزیس |
| کد مقاله : 1293-5VBS |
| نویسندگان |
|
محمد مجتبی روشنی1، آزاده لهراسبی نژاد *2، علی اخگر3 1گروه مهندسی کامپیوتر، دانشکده فنی و مهندسی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران 2گروه بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان 3پژوهشکده علوم محیطی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی و فناوری پیشرفته، کرمان، ایران |
| چکیده مقاله |
| بیماری لنفادنیت پنیری یک عفونت مزمن در نشخوارکنندگان کوچک است. عامل بیماری کورینه باکتریوم پسودوتوبرکلوزیس ، یک عفونت باکتریای واگیردار در غدد لنفاوی ایجاد می‌کند. مطالعات انجام شده در این زمینه نشان داده‌اند که فسفولیپازD (Pld) در باکتری مذکور عامل اصلی انتشار بیماری به سمت غدد لنفاوی و مرگ ماکروفاژهای میزبان پس از ایجاد عفونت است. این آنزیم دارای عملکرد پیچیده‌ای است درحالیکه نقش ثابتی در انتشار و پیشرفت بیماری ایفا می‌کند. بنابراین بررسی ساختار سوم آن می‌تواند به درک عملکرد آن کمک کند. در این مطالعه توالی مربوط به Pld متعلق به ((strain c231 با شماره دسترسی D9QD80 دریافت شد. ساختار سوم پروتین به کمک نرم افزار Modeller 9.20 براساس ساختار سوم الگوی آن استیل کوآکربوکسیلاز (PDB = SI6E) شبیه سازی شد. پارامترهای PROCHECK ،ERRAT ، Verify 3D مربوط به مدل ساخته شده و الگو، محاسبه و با یکدیگر مقایسه شدند. مقدار ERRAT برای مدل انتخابی 15/83 بدست آمد که نشان دهنده قابل قبول بودن ساختار سوم شبیه سازی شده می باشد. مطالعه نمودار راماچاندران نشان داد 6/93% و 6/4% از اسیدهای آمینه الگو به ترتیب در نواحی کاملا مطلوب و مجاز قرار گرفته‌اند. این مقادیر برای مدل انتخابی به ترتیب 5/87% و 5/11% محاسبه شد. براساس نتایج بدست آمده از همولوژی مدلینگ٬ مدل MODPld به‌عنوان ساختار سوم آنزیم فسفولیپاز در نظر گرفته شد. بررسی ساختار سوم بوسیله نرم افزار PyMol حضور ۶ مارپیچ آلفا در ساختار آن را نشان داد. |
| کلیدواژه ها |
| لنفادنیت پنیری، فسفولیپاز D ، همولوژی مدلینگ، ساختار سوم، نمودار راماچاندران |
| وضعیت: پذیرفته شده |