| ارزیابی پروفایل بیان ژن مشتق از ریزآرایه در بیماری تب شیر گاوهای شیری با استفاده از ابزارهای زیست داده ورزی |
| کد مقاله : 1292-5VBS |
| نویسندگان |
|
حسین نعیمی پور یونسی *1، مهتاب عزیزی2 1علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بیرجند 2علوم دامی، دانشگاه بیرجند، بیرجند، ایران |
| چکیده مقاله |
| بیماری تب شیر سالانه خسارت‌های اقتصادی زیادی را به صنعت گاوشیری وارد می‌کند و سبب بروز بسیاری از بیماری‌های متابولیک دیگر در گاوهای شیری می‌شود. شناسایی ژن‌های درگیر در بیماری‌های متابولیک نه تنها می‌تواند موجب بهبود تشخیص و پیشگیری از بیماری‌های مورد نظر شود بلکه در انتخاب راهکارهای درمانی کارآمد و همچنین در انتخاب دام‌های مقاوم، کمک خواهد کرد. هدف این تحقیق بررسی تفاوت بیان ژن‌ها و مسیرهای زیستی درگیر در بیماری تب شیر با نرم افزار تحت وبiDEP بود. با روش خوشه‌بندی کی- میانگین (K-means clustering) 2000 ژن که بیشترین تغییرات را داشتند، به دو خوشه تقسیم شدند به طوریکه در خوشه اول 1567 ژن و در خوشه دوم 433 ژن قرار گرفت و مسیرهای زیستی پاسخ به التهاب (25 ژن) و کموتاکسی (13 ژن) در خوشه اول معنی‌دار بودند. برای بررسی تفاوت بیان ژن‌ها از بسته نرم افزاری limma استفاده شد و با مقایسه تفاوت بیان ژن‌ها براساس خطای نوع اول (FDR<0.1) و تغییرات بیش از دو برابر در گروه گاوهای سالم با گاوهای مبتلا به تب شیر که با یک‌بار تزریق کلسیم به درمان پاسخ دادند، تعداد ژن‌های با بیان بالا و پائین به‌ترتیب 124 و 2358 ژن بود، درحالی‌که این تعداد در مقایسه با گاوهای مبتلا به تب شیر که با بیش از یک‌بار تزریق کلسیم به درمان پاسخ دادند به‌ترتیب 703 و 3294 ژن بود. این یافته‌ها می‌تواند در معرفی ژن کاندید که ممکن است در برنامه‌های اصلاح نژادی تب شیر مفید باشد، کمک کند. |
| کلیدواژه ها |
| افتراق بیان ژن، بیوانفورماتیک، گاو نژاد هلشتاین، هیپوکلسمی |
| وضعیت: پذیرفته شده |