| آنالیز بیان افتراقی نمونه‌های شیر گاوهای شیری سالم و مبتلا به ورم پستان با استفاده از داده‌های ریزآرایه |
| کد مقاله : 1160-5VBS |
| نویسندگان |
|
حسین نعیمی پور یونسی *1، احسان رمگی2 1علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بیرجند 2علوم دامی، دانشگاه بیرجند، بیرجند، ایران |
| چکیده مقاله |
| بیماری ورم پستان یک چالش اصلی برای متخصصان اصلاح نژاد گاو شیری محسوب می‌شودکه با کاهش کمیت و کیفیت شیر، کاهش طول عمر و افزایش هزینه های دارو و درمان آثار مخربی بر اقتصاد گله دارد. با تجزیه وتحلیل مجموعۀ داده‌های بیان ژن، می‌توان ژن‌هایی که در بافت بیمار نسبت به بافت سالم تفاوت بیانی نشان داده‌اند را شناسایی کرد. لذا شناسایی ژن‌های عمده موثر بر مقاومت نسبت ورم پستان و کاربرد روش گزینش به کمک نشانگرها فرصت مناسبی را برای بهبود وضعیت ورم پستان در صنعت گاو شیری فراهم کرده است. برای بررسی تفاوت بیان ژن‌ها از بسته نرم‌افزاری limma استفاده شد و براساس خطای نوع اول (FDR<0.1) و تغییرات بیش از دو برابر و با مقایسه تفاوت بیان ژن‌ها در گروه گاوهای مبتلا به ورم پستان در مقابل گاوهای سالم تعداد ژن‌های با بیان بالا و پائین به‌ترتیب 2267 و 1959 ژن بود. براساس روش خوشه‌بندیK-means ، 1000 ژن که بیشترین تغییرات را داشتند به دو خوشه تقسیم شدند به طوری‌که در خوشه اول 621 ژن و در خوشه دوم 379 ژن قرار گرفت و مسیرهای زیستی پاسخ به دفاع (93 ژن) و مرحله سیستم ایمنی (116 ژن) و پاسخ به استرس (128 ژن) در خوشه اول بالاترین معنی‌داری را داشتند. نتایج نشان داد نرم‌افزار iDEP می‌تواند به شناسایی مسیرهای زیستی درگیر و همچنین ژن‌های کاندید برای بیماری ورم پستان کمک نماید. |
| کلیدواژه ها |
| خوشه بندی، زیست داده ورزی، سلول‌های سوماتیک، هلشتاین |
| وضعیت: پذیرفته شده |